Používání vysoce rizikového systému může mít dopad na základní práva. Proto provozovatelé, kteří jsou veřejnoprávními subjekty nebo soukromými subjekty poskytujícími veřejné služby (a rovněž provozovatelé některých systémů), musí provést posouzení dopadů na základní práva a informovat o výsledcích příslušný národní orgán.
Posouzení popisuje mimo jiné procesy, v nichž bude systém používán, dobu a četnost používání, dotčené kategorie osob, konkrétní rizika újmy a opatření pro lidský dohled a zmírnění rizik. Posouzení dopadů na základní práva (FRIA) upravuje článek 27 a doplňuje posouzení vlivu na ochranu osobních údajů (DPIA) – může na relevantní části DPIA odkazovat nebo je převzít. Povinnost se vztahuje i na provozovatele systémů podle přílohy III bodu 5 písm. b) a c) (posuzování úvěruschopnosti a oceňování rizik v životním a zdravotním pojištění).